В 1997г. Научное Общество Учащихся, действовавшее на базе Дворца Детского Творчества, Отдел по работе с одаренными детьми Краевой Школы Космонавтики и вечерняя сменная школа № 166 слились в одно целое, став основой Центра Образования.
В учреждении были созданы отделы дистанционного образования, международного сотрудничества, непрерывного образования. За годы своего становления структура Центра менялась, в 2002 г. учреждение получило новый статус: - Учреждение Дополнительного Образования Детей.
В последние годы Центр имел три структурные подразделения: отдел дополнительного гуманитарного образования, отдел дополнительного естественнонаучного образования и методический отдел.